De Eben-Haëzerschool gaat uit van de Vereniging tot verstrekken van basisonderwijs op Gereformeerde Grondslag te Waardenburg. De naam van de school is ontleend aan een Bijibeltekst. ‘Samuël nu nam een steen en stelde dien tussen Mizpa en tussen Sen, en hij noemde diens naam Eben-Haëzer; en hij zeide: Tot hiertoe heeft ons de HEERE geholpen’ (1 Sam. 7:12).

Het bestuur van de school wordt gevormd door een dagelijks bestuur bestaande uit vier personen en een toezichthoudend bestuur dat vijf personen telt. Voor een groot deel zijn de bevoegdheden gemandateerd aan de directeur, die verantwoordelijk is voor de dagelijkse leiding. Hoewel er sprake is van een ruime mandatering houdt de directeur op hoofdlijnen het dagelijks bestuur regelmatig op de hoogte en rapporteert de directeur driemaal per jaar uitvoerig aan het gehele dagelijks bestuur en via het dagelijks bestuur aan het toezichthoudend bestuur. Een schoolplan wordt binnen de kaders van het strategisch beleidskader opgesteld en uitgevoerd. Het bestuur is in directe zin betrokken bij de aanname van het personeel. Aan de vereniging leggen bestuursleden jaarlijks verantwoordiing af. Tijdens een ledenvergadering verkiest de vereniging haar bestuurders.