De missie van de Eben-Haëzerschool is het bieden van onderwijs op gereformeerde grondslag aan onze kinderen. In praktische zin betekent het dat het onderwijs op gereformeerde grondslag op onze school zich kenmerkt door de drieslag kwalificatie, socialisatie en subjectificatie (Gert Biesta). Kwalificatie impliceert dat wij kinderen kennis en vaardigheden willen bijbrengen. Socialisatie richt zich vanuit Gods Woord op het openen van onze traditie en de (maatschappelijke) praktijken voor de kinderen. Wij willen dat kinderen hun levensbeschouwelijke wortels kennen en weten in welke samenleving zij (gaan) participeren en zo gevormd worden voor school en samenleving. En subjectificatie houdt in dat wij de kinderen willen vormen tot verantwoordelijke burgers zodat zij hun taak en opdracht in kerk, gezin en maatschappelijke samenleving zullen vervullen naar de eis van Gods Woord.
Het is ons verlangen dat kinderen gevormd worden tot personen die als christen hun taak en roeping vervullen in de samenleving, op de plaats waar God hen stelt. In die vorming is Gods zegen onmisbaar.